Após a ingestão do cisto, a Giardia, no intestino delgado, se transforma na forma trofozoíta, tornando-se organismos flagelados que medem apenas 15 micrômetros (0,015 milímetros). Para um melhor entendimento, podemos dizer que os cistos funcionam como ovos e os trofozoítas são os filhotes que saem do mesmo. Os trofozoítas são a forma capaz de se reproduzir, multiplicando-se dentro do intestino delgado do paciente contaminado, aderindo a sua parede e alimentando-se da comida que passa. Quando o parasita chega ao intestino grosso, ele volta a forma de cisto, pois este é o único meio de sobreviver no meio ambiente após a sua eliminação nas fezes

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         No trato intestinal, o protozoário se aloja na primeira porção do intestino delgado (duodeno e início do jejuno)